El Sector Bernilius es el penúltimo sector del juego, Ratchet & Clank: Atrapados en el tiempo, ya que al acabar el juego aparece un video de que Flint Vorselon quiere luchar contra ti. En este sector hay seis lunas, un planeta y una estación espacial que se llama Estación espacial Nefarius:
- Planeta Vapedia (Ciudadela Valquiria)
- Estación espacial Nefarius
- Bernilius Delta
- Bernilius Tau
- Bernilius Gamma
- Bernilius Alfa
- Bernilius Sigma
- Bernilius Beta
En este sector se lucha contra el Dr.Nefarius.